Guardiola Barcelona’nın başına geldiği günden beri takımın başında çıktığı 4 El Clasico’dan da galibiyetle ayrıldı. Bu 4 maçta toplam 11 gol atan Barcelona kalesinde sadece 2 gol gördü.
Guardiola’nın ilk El Clasico’su 13 Kasım 2008’de Camp Nou’daydı. İlk yarının berabere bittiği maçta kilit 82. dakikada Eto’o ile açıldı ardından Messi skoru belirledi 2-0. Bir sonraki sınav ise 2 Mayıs 2009’da Bernabeu’daydı ve çıkan sonuç tarihe geçti. Guardiola’nın Barcelona’sı en formda dönemlerinden birinde Bernabeu’da şov yaptı ve 2-6 kazandı. Goller Henry(2), Messi(2), Pique ve Puyol’dan geldi. Guardiola’nın en zorladığı El Clasico 29 Kasım 2009’da Camp Nou’daydı. Oyun tam sıkıştı derken Dani Alves’in asistiyle Ibrahimovic golü galibiyeti getirdi 1-0. Guardiola son Real Madrid sınavında ise 10 Mayıs 2010’da Bernabeu’daydı. Messi ve Pedro’nun golleriyle çok rahat bir galibiyet alındı ve Barcelona’ya geri dönüldü.
Guardiola’nın Real Madrid maçları dışında %100’le oynadığı başka takımlar da var. 5 kere karşılaştığı Sporting Gijon’u, 4 kere karşılaştığı Malaga’yı ve 3 kere karşılaştığı Zaragoza’yı her seferinde mağlup etti.